Federico II organizó la sexta cruzada en 1128 y que acabó en 1229.Éste condujo a sus ejércitos hasta San Juan de Acre.Malek-al-Kumel, consigue una tregua de 10 años y la restitución de los principales lugares de la Tierra Santa respetando los templos musulmanes. En 1244, el sultán Ayub tomó Jerusalén derrotando a los cristianos en Gaza
La conquista de Jerusalén por los musulmanes, dio lugar a la organización de una nueva Cruzada, que duró desde 1248 hasta 1254. El rey Balduino III de Constantinopla acordó ayuda con el rey francés Luis IX. El Papa Inocencio IV propuso una nueva expedición contra el Islam a la que solo respondió Francia. Luis IX emprendió esta campaña con el propósito de conquistar Egipto antes de dirigirse contra Jerusalén. Los cruzados desembarcaron en Daimieta, y fueron derrotados en Mansura. Luis IX fue hecho prisionero con todo su ejército y sólo pudo ser liberado pagando un elevado rescate y la devolución de las tierras tomadas.
Esta ultima cruzada organizada de nuevo por Luis IX en el año 1270, se dirigió hacia Túnez, que tradicionalmente había sido cristiana, con el objetivo de reconvertir a sus habitantes. Una epidemia se extendió entre los cruzados, muriendo muchos, entre ellos el rey Luis IX. Fracasada esta última Cruzada los musulmanes reconquistan San Juan de Acre, última plaza cristiana en Oriente. Sólo se mantiene el poder cristiano en Chipre hasta finales del siglo XV, y en la isla de Rodas hasta mediados del XVI.
Las Cruzadas 